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Alors que l'Ecole polytechnique forme de futurs cadres dirigeants pour l'Etat et l'industrie depuis sa création en 1794, et qu'elle délivre le diplôme d'ingénieur depuis 1937 et que de nombreux scientifiques de grand renom en sont issus depuis le début du XIXe siècle, la création du diplôme de Docteur de l'Ecole polytechnique ne remonte qu'au milieu des années 1980, les premiers diplômes de Master de l'Ecole polytechnique ayant été délivrés en 2005, dans le cadre de l'harmonisation de l'enseignement supérieur européen (processus dit de Bologne).
Pour structurer et encadrer les programmes de formation, principalement par la recherche, qui mènent à ces deux diplômes, l'Ecole polytechnique s'est dotée de sa propre Ecole doctorale pluridisciplinaire, l'EDX, dès la fin du siècle dernier, puis, quelques années plus tard, d'une Direction des programmes masters. C'est la réunion des équipes de ces deux entités qui a conduit à la création, en novembre 2010, d'une Graduate School au sein de l'établissement. Venant renforcer et compléter l'EDX, cette Graduate School a vocation à participer activement à la construction de l'offre post-graduée sur le campus de Paris-Saclay, ainsi que dans le cadre du PRES ParisTech.